医学情報処理演習：2011年度第7回課題

第7回に出てきた関数と文の主なものはこちらを参照されたい。

課題

http://phi.med.gunma-u.ac.jp/medstat/p07.txtはパプアニューギニアのある言語族の居住する４つの村で測定した成人男性の血液のヘモグロビン濃度のデータである。変数VILは村落番号を意味し，変数HBはヘモグロビン濃度(g/dL)を示す。村落間でヘモグロビン濃度の平均値に差が無いという帰無仮説を，有意水準5％で検定した結果，5％水準で統計学的に有意な差がみられたので，どの階級とどの階級の間に差があるのかについて，検定の多重性をHolmの方法で調整した多重比較を実行した。以上を実行するコードと出力結果とその解釈を下に示す。

(http://phi.med.gunma-u.ac.jp/medstat/p07.txt is the tab-delimited text file, which is the result of hemoglobin concentration in 4 villages of Papua New Guinea. The variable VIL means the number of village, and the variable HB means hemoglobin concentration (g/dL). As the result of testing the null hypothesis that there is no significant difference of mean heamoglobin concentration among these villages, the null-hypothesis was rejected at 5% significance level, so that we conducted multiple comparison with Holm's method between all combinations of villages. The code and result with its interpretation are shown below.)

学籍番号・氏名とともに，下のフォームと解釈文を穴埋めして送信せよ。

(Please write the registry number and name, fill the boxes A to E, and click [submit] button.)

コードは以下の通り。

(The code is shown below.)

x <- read.delim("http://phi.med.gunma-u.ac.jp/medstat/p07.txt") # read data into x
Mx <- tapply(x$HB,x$VIL,mean) # Calculate means of HB by VIL
Sx <- tapply(x$HB,x$VIL,sd) # Calculate unbiased standard deviations of HB by VIL
Ix <- 1:4+0.1
stripchart(HB ~ , data=x, method="jitter", vert=TRUE) # Draw stripcharts of HB by VIL
points(Ix, Mx, pch=18, cex=2) # Add the means of DBP for each AC, black diamond, double size
arrows(Ix, Mx-Sx, Ix, Mx+Sx, angle=90, code=3) # Add error bars of DBP for each AC
bartlett.test(HB ~ VIL, data=x) # Test the equal variances hypothesis by Bartlett's test
(HB ~ VIL, data=x) # Test the equal means hypothesis by Welch's one-way ANOVA
pairwise.t.test(x$HB,x$VIL) # Conducts multiple comparison of mean HBs among all possible pairs of VILs

グラフを見ると，村落番号が BoxC 村落ほどヘモグロビン濃度が低い傾向があるようにみえる。バートレットの検定の結果をみると，p-valueは BoxD であり，5％水準で有意ではない。Welchの拡張による一元配置分散分析の結果は，p-valueが7.034e-11と0.05より小さいので，有意水準5％で，ヘモグロビン濃度の平均値には村落の違いが有意に影響しているといえる。そこで次に，どの村とどの村の間でヘモグロビン濃度に統計学的に有意な差があるのかを調べるため，Holmの方法で調整した多重比較の結果を示す。

(The stripcharts shows that the BoxC the number of VILs are, hemoglobin levels tend to be lower. As the result of Bartlett's test, p-value was BoxD , which means non-significant difference among variances at 5% level. As the result of Welch's one-way ANOVA, p-value was 7.034e-11, which is less than 0.05, so that there was statistically significant difference of means of HBs among 4 VILs. The result of multiple comparison adjusted by Holm's method is shown below.)

Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 

data:  x$HB and x$VIL 

   1       7       9      
7  0.71    -       -      
9  1.3e-05 2.1e-05 -      
13 8.0e-15 8.8e-15 6.4e-09

P value adjustment method: holm

BoxE の組み合わせを除くすべての村間で有意差があると言える。

(Consequently, statistically significant difference at 5% level was found except between BoxE .

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