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医療保健統計学・疫学特講II

最終更新：2024年7月16日（火）

1. 概要

医学・保健学分野で用いられる、比較的高度な統計手法や実験データ解析手法について、サンプルデータを使ってコンピュータソフトウェアで解析する実例を提示することにより、実際にそれらの解析手法を使えるようになることを到達目標とする。

2. 講義計画

夏期2日間の集中講義として実施する。今年度は8月1日（木）と8月2日（金）の2日間、オンラインで実施する。Zoomのアクセス情報についてはBEEF+で提供する。

  1. R及び関連ソフトのインストールと基本操作（1日目，1限）
  2. データの種類と目的による統計解析のパースペクティブの整理，Rによるデータ前処理方法（1日目，2限）
  3. Rによる多様な作図技法（1日目，3～4限）
  4. 因子分析（1日目，5限）
  5. 構造方程式モデリング（2日目，1～2限）
  6. 応用回帰分析（非線形／多変量回帰分析とマルチレベル分析）（2日目，3～5限）
  7. 実験データの解析（駒井先生・住田先生が別途実施）

3. 評価

レポート提出により，解析手法の理解度を評価する。

レポート課題：この講義で学んだ解析方法をどれか１つ選び、適切なデータを探して実際に解析した結果を報告せよ。字数制限無し。名前と学籍番号も明記し、pdfファイルとしてメールに添付して、下記中澤のメールアドレスに送信すること。8月19日（月）必着とする。中澤から受領確認メールを送るので、もし受領確認が届かない場合は再度送信すること。

4. 事前準備等

夏期の集中講義として実施する。テキストに予め目を通し、自分のコンピュータに予めRとRStudioをインストールしておくことを薦める。

テキスト：
■advstat.pdf (1.0.3.3 on 3 August 2024)
参考資料：
■三重大学奥村先生の作図関係資料。Macユーザにはとくにお薦め
■R研究集会2015でエコポイントデータの解析についてプレゼンしたものを若干修正したもの）：pdf形式プレゼン資料
■Tokahoglu (2012) Food Chemistryの主成分分析を使った論文
■Dr. Batesの因子分析プレゼン資料，因子分析例１で使ったDr. Batesのデータの変数の意味の解説→2020年度の講義でチェックしたところリンク切れになっていた
■Dr. Foxのsemのチュートリアル文書
■村山ら，北関東医学掲載のsemを使った論文
■doByパッケージによるLSmeans活用法
■lme4パッケージによるlinear mixed modelの解説
Rのコード：
■最初の方：code1.R
■データフレームの操作：coffee.R
■作図関連：scdehot.R，e0changes.R，e0Japan2010.R，cdradar.R，beefutecan.R, 東南アジアの人口ピラミッドを地図上に描く
■主成分分析：swiss01.R，MedHerbs.R, ecopxc.R
■因子分析：Bates.R，Misakisem.R（確証的因子分析のモデル記述をlavaanパッケージのcfa形式で書くとMisakicfa.R），ecofactor.R
■構造方程式モデリング：ecosem.R，ecosem2.R, ecolavaan.R（信頼性指標計算コードを2018.12.27に付加）, ecolavaan2.R（各因子への総合エコポイントの影響考慮）, Bates-with-lavaan.R（Bates教授のBig5を元々仮定されている因子構造のまま確証的因子分析）, ecolav2.R
■Dr. John Foxのsemチュートリアルのコードを改変したもの：sem1.R，sem2.R
■応用回帰分析＋マルチレベルモデル：carpopacc.R（多変量回帰分析，mvreg.Rは東日本と西日本というカテゴリ変数も入れてhetcor()でモデリングする場合），nls.R（airqualityの非線形回帰）, dr.R（用量反応関係１）， dr2.R（用量反応関係２），multilev.R（マルチレベルモデル例１），multilev2.R（マルチレベルモデル例２，３），sleepstudy.R（マルチレベルモデル例４）
■DID法：princetondid.R
■操作変数法：tsls.R，ivreg.R
データ：
■cronbach.txt，v3hw.txt，ecopx.txt, carpopaccident.txt, MedHerbs.txt

5. オフィスアワー

中澤（minato-nakazawa[atmark]people.kobe-u.ac.jp）までメールで連絡すること（添付ファイルのサイズが大きいと届かないことがあるので，その場合はminatonakazawa[at]gmail.comに送信されたい）。直接の面会を希望する場合も，まずはメールでコンタクトすること。

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