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医学情報処理演習2006年

キーワード

データ解析，データの水準，帰無仮説，検定，推定，信頼区間

授業の目標および期待される学習効果

（目標）

統計ソフトウェアを使った実際のデータ解析を通して，医学統計学の講義で学んだ統計手法を，よりしっかりと身に付ける

（学習効果）

実験データや調査データを適切に分析できる能力を身につけることが期待される

授業の概要

実験計画や調査デザインに適したデータ構造の設計を行い，表計算ソフトで入力したデータを統計処理ソフトで適切な手法を用いて解析し，その結果を解釈する，という一連の流れを，さまざまな種類のデータについて繰り返し実践する。講義と演習を情報処理演習室で行う。

授業内容のレベル

教養教育でコンピュータ操作の基礎は身に付いているはずであり，前期に「医学統計学」で統計学の基礎は理解しているはずなので，実際の統計処理を実践することを主眼におく。

履修資格

医学部医学科２年生（「医学統計学」履修を前提とする）

関連授業科目

「医学統計学」（２年前期）

テキスト／参考書

データ及び課題を掲載した講義資料を配布する（資料はこのページから入手できるようにする）。統計ソフトウェアとしてはフリーソフトのRを使用するので，以下のテキストが参考になるであろう。

• 中澤　港(2003)『Rによる統計解析の基礎』（ピアソン・エデュケーション）1,800円
• 間瀬 茂・神保 雅一・鎌倉 稔成・金藤 浩司(2004)『工学のための数学３　工学のための データサイエンス入門 ― フリーな統計環境Rを用いたデータ解析 ― 』（数理工学社）2,300円
• 岡田昌史（編）(2004)『The R Book −データ解析環境Rの活用事例集−』（九天社）
• 舟尾暢男 (2005) 『The R tips −データ解析環境Rの基本技・グラフィックス活用集』（九天社）

また，以下のウェブサイトが参考になるであろう。

• Rによる統計処理（本学社会情報学部・青木繁伸教授による）
• RjpWiki（筑波大学の岡田さんが管理されている，日本におけるRユーザコミュニティの代表的なサイト）

授業の形式

臨床研究棟演習室のコンピュータを使って，サンプルデータを分析してみる。

評価

毎回，課題の回答を提出することとし，その結果によって評価する。期末試験は実施しない。出席状況に不安がある者は，最終講義日の1月22日までに追加レポートを提出すること（テーマはデータ処理に関することなら何でも良い）。

メッセージ

統計は，実際にデータを扱って初めてわかってくるものです。慣れるまでは大変かもしれませんが，やっているうちにわかってくると思います。

オフィスアワー

月曜〜金曜・10:30〜12:00，電子メール：nminato@med.gunma-u.ac.jp

授業の展開

1. データ入力（10月2日4-6時限）：配布資料pdf形式，課題データMS-Excel形式
2. 基本的な図示（10月16日4-6時限）：配布資料pdf形式，Rのコード（it02-3.R，it02-4.R，it02-5.R，it02-6.R，it02-7.R，it02-8.R，it02-9.R，it02-10.R，it02-11.R，semen.R），タブ区切りテキストデータ（p01.txt，p02.txt，semen.txt）
3. 記述統計量（10月23日4-6時限）：配布資料pdf形式，Rのコード（it02-ans-2006.R，truemedian.R，it03-1-2006.R，it03-2-2006.R），タブ区切りテキストデータ（p03.txt）
4. 標本統計量と母数推定（10月30日4-6時限）：配布資料pdf形式，Rのコード（it03-ans-2006.R，variance.R，it04-1-2006.R，it04-2-2006.R，it04-3-2006.R）
5. データの分布と検定の概念（11月6日4-6時限;pdfの1ページ目の図を7日に差し替え）：配布資料pdf形式，Rのコード（it04-ans-2006.R，it05-1-2006.R，it05-2-2006.R，it05-3-2006.R）
6. ２群の平均値の差の検定（11月13日4-6時限；前回の課題回答例が前年度の課題に対するものだったので1月16日に差し替え）：配布資料pdf形式，Rのコード（it05-ans-2006.R，it06-1-2006.R，it06-2-2006.R），タブ区切りテキストデータ（it06-k-2006.txt）
7. 一元配置分散分析と多重比較（11月20日4-6時限）：配布資料pdf形式，Rのコード（it06-ans-2006.R，it07-1-2006.R，it07-2-2006.R），タブ区切りテキストデータ（p07.txt），課題回答用紙，課題回答例（そのためのRのコード）
8. 相関と回帰（11月27日4-6時限）：配布資料pdf形式，Rのコード（it08-1-2006.R，it08-2-2006.R，it08-3-2006.R），課題用タブ区切りテキストデータ（p08.txt），課題回答例
9. 計数データと比率の解析（12月4日4-6時限）：配布資料pdf形式（17:30に差し替え），Rのコード（it09-1.R，it09-2.R，it09-3.R，it09-4.R，it09-5.R，it09-6.R），課題回答例
10. クロス集計（12月11日4-6時限）：配布資料pdf形式，Rのコード（it10-1-2006.R，it10-2-2006.R，it10-3-2006.R，it10-4-2006.R，it10-5-2006.R，it10-6-2006.R，it10-7-2006.R，it10-8-2006.R，it10-9-2006.R，it10-10-2006.R），課題回答例コード
11. 量的データのノンパラメトリックな分析法（12月18日4-6時限）：配布資料pdf形式，Rのコード（it11-1-2006.R，it11-2-2006.R，it11-3-2006.R，it11-4-2006.R，it11-5-2006.R），課題データ：p11.txt，課題解答例（pdf，Rのコード）
12. 一般化線形モデル（1月15日4-6時限）：配布資料pdf形式，Rのコード（it12-1-2006.R，it12-2-2006.R，it12-3-2006.R，it12-4-2006.R，it12-5-2006.R，it12-6-2006.R，it12-7-2006.R），サンプルデータ，課題回答例（pdf，Rのコード）
13. 生存時間解析（1月22日4-6時限）：配布資料pdf形式（2月9日に追加更新），Rのコード（it13-1-2006.R，it13-2-2006.R，it13-3-2006.R，it13-4-2006.R，it13-5-2006.R（深夜に差し替え），it13-6-2006.R），課題回答例（pdf，コード，参考コード），大橋・浜田(1995)掲載の膵臓癌データを入力したタブ区切りテキストファイル，それを読み込んで変数の型を設定するコード，大橋・浜田(1995)のp.138-150に記載されているコックス回帰と変数選択を実行するコード

毎回の提出課題レポートによる総合評点の分布は以下の通り（一度も出席していない1名はゼロ点なので除く）。全員合格であった。

リンクと引用について