個別鵯記

【第201回】 また実習とゼミの日（2012年12月4日）

i-D

6:00にAAAの777で起床。やはりこの曲は目覚まし向きだ。昨夜作った豚汁を温め直して朝食後，Earl Greyをプランジャーポットで淹れて飲みつつメール送受信。BGMはGoose houseのリーダーd-iZeの『i-D』なのだが，これはいいアルバムだ。Johnny Beans復活しないかなあ。

animationパッケージ

2番のバスに間に合わない時刻になってしまったので，土曜のR研究集会でコメントいただいたanimationパッケージをインストールしてみた。install.packges("animation", dep=TRUE)で問題なく成功したので，library(animation)してexample(animation)を実行してみたら，windows()デバイスとhtmlとpdfへのアニメーションオブジェクト出力はうまくいった。pdfへの出力はLaTeXを呼び出しているのだが，vaio-saにインストールしてあるTeXLiveを自動的に使ってくれた。が，gifを出力するところでエラーが起こった。ImageMagickが必要だというのだ。早速Windows x64版dllをダウンロードしてインストールしたら，アニメgifはできるようになった。しかし，まだswfを出力するところでエラーが起こる。エラーメッセージをみると，saveSWF()という関数の中でpdf2swf.exeというプログラムを呼び出そうとして失敗していたので，検索してみたら，どうもswftoolsに入っているようだったので，これもインストールした。パスを設定して再起動しないと見つけてくれないが，これでexample(animation)が正常動作するようになったはず……と思ったが甘かった。仕方ないのでsaveSWFと打ってソースを見たが，何をやっているのか良くわからなかった。悔しいなあ。

twitter

最近，twitterを講義連絡関連の連絡に使い始めたのだが，これでフォローしておくと/.Jのストーリー追加を見逃さなくなるし，Goose houseの神田莉緒香さんのようにブログ更新を必ず報告してくれるとアンテナは不要かもしれないと思えてくる。RjpWikiに書き込みがある度に自動でつぶやいてくれるbotとかあったら便利だろうなあ（他力本願）。しかし，知人をフォローしたときに，フォローを返されると，こちらは講義連絡のtweetしかしていないのが心苦しい。

animationパッケージ再び

R AnalyticFlowのバージョン2がまだ出ないので，とりあえずRstudio-0.9.7をインストールしてみた。ProjectメニューからCreate Projectを開いてR研究集会のディレクトリを指定すると，そのディレクトリをカレントとして実行してくれるのが便利だ。ここに掲載してあるコードのうち，pyramid()の後にSys.sleep(1)というループを回しているところをanimationライブラリを使って書き直す，もっとも簡単な方法は，Rのグラフィック画面をそのまま使うことで，そのためには，最初の方で，library(animation)としてから，ani.option(interval=0.2, outdir=getwd())として（注：暫くの間，このメモではsetwd()となっていましたが，もちろんgetwd()の誤りです）アニメーションファイルの出力先を作業ディレクトリにすると同時に描画更新間隔を0.2秒に設定し（デフォルトは1秒），これまでSys.sleep(1)として1秒間実行停止していたところをani.pause()に書き換えるだけで良かった。保存してからCntl+Alt+Rでコードを全て実行させたら見事にぬるぬると変化する人口ピラミッドが描かれた。人口ピラミッドを描画する部分全体を{}で括って（以下，{expr}と表記），saveVideo({expr}, video.name="changing-pyramid.mp4", other.opts="-b, 300k")のようにsaveVideo()関数に与えてから実行すると，自動的にmp4動画になって再生される。これは凄い。RStudioも便利だなあ（select.list()関数がRgui.exeだとウィンドウから選ぶ形になるのだが，RStudioからだと数字で候補が一覧表示され，数字を入力する形になるというふうに動作が変わるが，実害はない）。とくにhelpの参照がやりやすいのと，プロジェクト（たぶんパッケージを作成する単位を意識しているのだろう。Buildというメニューの存在からしても）をディレクトリごとに設定できるのが便利だ。少し使ってみよう。

EZR

開発者である自治医大の神田先生からメールでお知らせ頂いたが，EZRを紹介する論文（Technical Report）がBone Marrow Transplantationというジャーナルに掲載された（オープンアクセスなのでリンク先はpdf本文）。論文の内容はEZRの機能を網羅しているわけではなく，生存時間解析が主だが，これで海外におけるEZRの知名度も上がるかもしれない。

物品到着

実習の発表会まで残り2週間なのだが，ストレス指標となる唾液アミラーゼ検出のチップの残りが漸く届いたので，即座にtweetした。B1班の学生たちには大変気の毒だが，短期集中でやってもらうしかない。

ゼミ

予定では卒業研究の学生Y君に中間発表をしてもらうはずだったが，昨日から国家試験の出願書類の準備などで忙しいということで会う時間がとれず，間に合わなかった。しかし卒業研究の提出締め切りは21日なので，来週にはやってもらわねばなるまい。ある程度進めているという話ではあるのだが。で，今日は急遽，先週末のR研究集会の紹介をした。日本語資料を英語で紹介するというのも妙なものだが，プログラムを実際に動かすとわかってもらえるのが強みだ。RgoogleMapsやplotKMLも興味を引いたようだった（plotKMLはRを2.15.2にバージョンアップしたときにうまく引き継げなかったらしく，install.packages("plotKML", dep=TRUE)で再インストールしないとうまくexample(plotKML)が動作しなかったので中途半端な紹介になってしまったが）。コーホート要因法の説明がどの程度伝わったのかはやや自信がないが，将来人口推計を人口ピラミッドのアニメーションで示したのはわかりやすかったようだ。

電気とガスも配送が競争不可能なのだから，水道同様に公営化してはどうか

月曜の公衆衛生学の内容が国際保健学だったわけだが，その際学生に書いて貰ったレポートを整理した。人が生きていくために最低限必要なもの(Basic Human Needs; BHN)は万人に確保されねばならないということは伝わったと思う。Universal Health Coverageも重要だが，それ以前に，水道，電気，ガスという基本インフラは（途上国の農村部には存在しないところも多いが）衣食住の次の段階のBHNといえる。日本では水道は都道府県が運営しているのに，電気とガスは私企業が運営している。これが問題になるのは，BHNだから必須なのに，利用者が居住地域ごとに特定の企業からしか電気やガスを買えないことだ。これでは売り手と買い手の関係が対等でないので，健全な市場は望めない。BHNについては利潤の追求ではなく，安定供給が利用者の利益になるので，このような形で私企業に任せるくらいなら，公営化した方がよほどマシだと思う。少なくとも，地域ごとに競争不可能な形でしか存在不可能な送電についてや，ガスの供給については，公営化した方がいい。その上で，発電については地域独占ではなく自由な参加を認めたら，健全な市場ができるかもしれない。よく発送電分離と言われるのは，この考え方だ。この形になると原発のようなものは運営しにくくなるだろう。原発から揚水発電所への送電が課金されたら，原発のコストはさらに上がること必至だから。もっとも，個人的には，水道，電気，ガスは国有化して全国一律料金にした方がいいと思うし，郵便事業（貯金は別）も国営に戻すべきと思うのだが。

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