このページは表記の本(奥付では2007年12月25日刊行)についての情報を掲載するためのものです。コメントや質問は,minato-nakazawa[at]umin.netまで(ただし[at]は半角の@)メールでお願いします。
この本のために開発した関数群は,fmsbパッケージとしてCRANに登録しています(html版マニュアルはこちら)。最新版は2024年1月16日に作成した0.7.6です(Windows Binaryとgzipped sourceをダウンロードできますが,install.packages()関数を使ってCRANからインストールすることをお薦めします)。
This page is provided to support analyses written in my own Japanese textbook "[R] ni yoru hoken-iryou [data] kaiseki ensyu" (A workbook for data analyses in health and medicine using R), which was published in December 2007.
The functions in the book are available as a "fmsb" package in CRAN (A manual in html format is given here). The newest version of "fmsb" is 0.7.6 made on 16th January 2024. (Windows Binary and gzipped source are available, but I recommend to use install.packages() function)
2013年の出版社の業務変更により絶版です。下の方でリンクしている草稿pdfファイルまたはURL修正済みpdfファイルをご利用ください。
- 著者:中澤 港
- 題名:Rによる保健医療データ解析演習
- 出版社:ピアソン・エデュケーション
- 発行:2007年12月第一刷。
- 外形:B5判,288ページ
- 価格:税込み3,150円
- ISBN:978-4-89471-755-8
以下の誤りについて,お詫び申し上げます。出版物では可及的速やかに(つまり,増刷の機会があれば,ということですが)修正します。
(2008年8月27日記)なお,第6章第2節「独立2標本の平均値の差の検定」(p.74~p.78)において,p.77の脚注7で「常にウェルチの方法を用いるべきという意見」について触れていますが,本文では慣習的に行われてきた2段階検定を説明しています。しかし,奥村先生や青木先生がシミュレーションで鮮やかに示されているように,常にWelchの方法だけにするのが検定としては良いと思いますので,もし増刷の機会があれば記述を改め,基本的にWelchを用い,2段階検定を慣習的な方法として脚注で紹介する形にしたいと思います。
- はじめに
- ◎中間栄治さんのお名前を「英治」とミスタイプしておりました。中間さん,大変申し訳ありませんでした。
- 第5章
- ◎「5.6 χ2分布」の中で,確率密度関数の式(草稿p.81,本ではp.66)に打ち間違いがありました(ご指摘ありがとうございました>たけしょう)。式中,(v/2)v/2-1となっているところは(x/2)v/2-1で,exp(-v/2)となっているところはexp(-x/2)が正しい式です。
- 第8章
- ◎(2010年11月19日記)「8.3回帰」の中で,p.102の一番下の部分,「回帰直線の95%予測区間(期待値の標準誤差が95%の信頼性をもってこの区間に含まれるであろう範囲)と95%信頼区間(データの95%がこの範囲に含まれるであろうという範囲)」は英語との対応関係から考えても不適切でした。predict()関数の引数でinterval="prediction"とした場合,データの95%予測区間(データの95%はこの範囲に含まれるであろう範囲)が得られ,interval="confidence"とした場合,回帰直線の95%信頼区間(回帰直線は95%の確率でこの範囲に含まれるだろう範囲)が得られる,とするのが妥当だと思います。申し訳ありませんでした。
- 第11章
- ◎2群の分布の位置の差の定式化(草稿p.180,本ではp.162)で,F(x),G(y),F(x)≡G(x)となっている部分は,記法として不自然なので,F,G,F≡Gに変更。
- ◎メディアン検定のクロス集計表(草稿p.186,本ではp.168)の,Yのメディアン以上の値は,括弧の位置が間違っていて,(m+n/2)-Hではなく,(m+n)/2-Hが正しい。申し訳ありませんでした。
- 第12章
- ◎(2009年8月31日記)ロジスティック回帰分析の説明中(本書p.196),「relevel()関数を使うと便利である(コラム②参照)」とあるのは,「relevel()関数を使うと便利である(コラム③参照)」の誤りでした。
- なお,Mac等で②③が豆腐にしか見えない環境の方に補足説明しますと,誤りが丸数字の2,正しいのが丸数字の3です。
- ◎(2010年11月22日記)p.196とp.198で,birthwtデータフレーム内のptlという変数の説明として,「非熟練労働経験数」という記載は,「早期産経験回数」の誤訳でした。申し訳ありません。
- 第13章
- ◎例題5のGehanのデータにコックス回帰をした結果の説明(草稿p.238,本ではp.217)で,死亡ハザードとあるのは再発ハザードの誤り。従って延命効果も,再発防止効果が正しいです。申し訳ありませんでした。
- 第2章
- (2010年3月30日記)RjpWikiのQ&A(初級者コース)/11の「関数read.shapeが使えません」の応答にあるように,maptoolsのバージョンアップに伴ってread.shape()という関数は消滅したので,現在使えるmaptools-0.7-29では下記classmap.Rは動作しません。read.shape()をreadShapePoly()にすればとりあえず使えるかもしれませんが未確認です。
- (2010年3月31日追記)readShapePolyにすればShapeFileは読み込めましたが,それだけではダメでした。maptools内で扱える地理情報データオブジェクトが,2007年にはS3のMapクラスもあったのが,2010年現在ではS4クラスしかなくなってしまったので,大きく変更する必要がありました。RjpWikiに牧山さんが県ごとに分割後,圧縮して掲載されているjapan_ver62.zipをダウンロードし,展開してできるファイルのうち,gunma.dbf, gunma.shp, gunma.shxと,agedprop2006.txtを作業ディレクトリにおき,classmap2.Rを実行すれば,gunmaagedprop2006.pdfができあがります。
- 第8章
- (2010年11月20日記) carライブラリのdata.ellipse()関数はdataEllipse()関数に名前が変わりました。
- 第13章
- (2010年4月15日記) survivalライブラリのsurvfit関数が返すオブジェクトの中で,ntimes.strataという変数がnに変わった等の原因により,c13-5.Rで定義したloglogplot()という関数は動作しません。実はplot.survfitが多機能になっているので,ほぼ同じ二重対数プロットをしたい場合は,survfit関数が返すオブジェクトをKMとして,plot(KM, fun=function(y) {log(-log(y))}, lty=1:2)とすれば可能ですし,時間軸が対数表示で良ければplot(KM, fun="cloglog", lty=1:2)で可能です。
- そのように書き換えた関数をc13-5a.Rとして掲載しておきます。
- msb-funcs.Rを書き換えてパッケージ化作業中ですが(参照),上記理由のため,loglogplot()関数は削除します。
- はじめに
- 群馬大学社会情報学部の青木繁伸教授によるRによる統計処理
- 岡田昌史さんによるRjpWiki
- OpenOffice.org日本ユーザ会
- 三重大学・奥村晴彦教授によるTeX Wiki
- 第1章
- 関西大学・荒木孝治教授によるR品質管理本サポート情報(Rcmdrの国際化関連情報など)
- R-helpメーリングリスト(英語)
- CRANの筑波大学ミラー
- CRANの東京大学ミラー
- RjpWikiの日本語化掲示板
- 「Rによる統計処理」内,Mac OSのインストール法の説明
- cgiとhtmlフォームを使ったデータ入力の解説(当サイト内)
- 第2章
- 人口ピラミッドの作り方(当サイト内)
- R研究集会2012報告(当サイト内)で,年齢別死亡率と年齢別出生率を与えた時の将来人口予測をして人口ピラミッドが変化していく様子をアニメーション表示する方法をデモンストレーションしています。
- DIVA-GIS
- ESRIジャパン社の全国市町村界データ
- okinawaさんこと牧山文彦さんによるShapeFileライブラリ(RjpWiki内にあり,ESRIジャパン社提供のshpファイルを加工した都道府県別のファイルが公開されている)
- 群馬県の年齢別人口(平成19年10月1日現在) | 第3表(MS-Excel形式)(注:2008年10月現在,本書出版時に公開されていた平成18年10月1日現在のデータは,既に群馬県のサイトには存在しないようです)
- 市町村コード
- 第10章
- Epiライブラリ(デンマーク・コペンハーゲン大学)
- 第12章
- 東京工業大学・下平英寿助教授による「Rによる多変量解析入門」講義資料(2004年度版) | 2006年度前期版(leapsというライブラリのleaps関数を使うと総当り法ができるとは知らなかった)
- 群馬大学社会情報学部・青木繁伸教授による総当り法変数選択の説明とRコード
- 第13章
- プリンストン大学にあるGehanの白血病治療データ
- 付録A.
- 当サイト内,統計処理ソフトウェアRについてのTipsでは,ソフトウェアのバージョンアップ,Rnewsのリリース,新しい本の出版情報など,Rに関わるニュースと,新しく知ったりまとめたりしたtips的な情報を随時掲載している。
- p01.txt:性(SEX),身長(HT)と体重(WT)のデータ。欠損あり。
- p01b.txt:性(sex),身長(ht)と体重(wt)のデータ。欠損あり。(注:これら2つは同じものだが,変数名の大文字小文字のみが異なる)
- p02.txt:パプアニューギニア男性の体重(WT)
- semen.txt:Carlsenらのメタアナリシスデータ。年次(YEAR),サンプルサイズ(NUMBER),1cc当たり精子数(CONC)
- agedprop.txt:群馬県の5桁市町村コード(JCOCE),市町村名(JNAME),2006年の65歳以上人口割合(AP2006)
- p06.txt:マウスの普通食摂取前体重(NDS),普通食摂取後体重(NDE),高脂肪食摂取前体重(HFDS),高脂肪食摂取後体重(HFDE)
- p07.txt:パプアニューギニア成人男性の村落(VIL)別のヘモグロビン濃度(HB)
- p08.txt:ソロモン諸島成人女性の身長(HT),体重(WT),BMI(BMI),体脂肪割合(FAT),収縮期血圧(SBP)
- p11.txt:途上国3地域(GRP)の夫婦の完結出生児数(PARITY)
- p12.txt:都道府県名(PREF),東日本か西日本か(REGION),1990年の100世帯当たりの自動車保有台数(CAR1990),1989年の人口10万人当たり交通事故死者数(TA1989),1985年の人口集中地区居住者割合(DIDP1985)
- p13.txt:大橋,浜田 (1995)『生存時間解析 SASによる生物統計』東京大学出版会の付録Aに掲載されている膵臓癌データを入力したもの。pcancer.Rで読み込んで型設定をするようにしてある。
- 第1章 Rの導入とデータ入力
- 1.1 統計処理ソフトの選択
- 1.1.1 フリーソフト利用上の心得
- 1.1.2 Rの動作環境とインストール
- 1.1.3 Rの使い方の基本
- 1.1.4 プロンプトへの基本操作
- 1.2 データ入力
- 1.3 欠損値について
- 1.4 Rでの読み込みと基本操作
- 1.5 課題
- 第2章 基本的な図示
- 2.1 尺度と変数
- 2.2 名義尺度 (nominal scale)
- 2.3 順序尺度 (ordinal scale)
- 2.3.1 Cronbachのα係数
- 2.4 間隔尺度 (interval scale)
- 2.5 比尺度 (ratio scale)
- 2.6 データの図示の目的
- 2.7 名義尺度や順序尺度をもつ変数の図示
- 2.7.1 度数分布図
- 2.7.2 積み上げ棒グラフ
- 2.7.3 帯グラフ
- 2.7.4 ドットチャート
- 2.7.5 円グラフ(ドーナツグラフ・パイチャート)
- 2.8 連続変数の場合
- 2.8.1 ヒストグラム
- 2.8.2 正規確率プロット
- 2.8.3 幹葉表示 (stem and leaf plot)
- 2.8.4 箱ヒゲ図 (box and whisker plot)
- 2.8.5 ストリップチャート (stripchart)
- 2.8.6 散布図 (scatter plot)
- 2.8.7 レーダーチャート
- 2.9 その他のグラフ
- 2.9.1 塗り分け地図
- 2.10 課題
- 第3章 記述統計量
- 3.1 データを記述する2つの方法
- 3.2 中心傾向(Central Tendency)
- 3.2.1 平均(mean)
- 3.2.2 重み付き平均(weighted mean)
- 3.2.3 中央値(median)
- 3.2.4 最頻値(Mode)
- 3.2.5 使い分け
- 3.3 ばらつき(Variability)
- 3.3.1 範囲(range)
- 3.3.2 四分位範囲(Inter-Quartile Range; IQR)
- 3.3.3 四分位偏差(Semi Inter-Quartile Range; SIQR)
- 3.3.4 平均偏差(mean deviation)
- 3.3.5 分散(variance)
- 3.3.6 標準偏差(standard deviation)
- 3.3.7 標準誤差(standard error)と変動係数(coefficient of variation)
- 3.4 まとめ
- 3.5 課題
- 第4章 標本統計量と母数推定
- 4.1 標本統計量と母数
- 4.2 標本抽出
- 4.3 中心極限定理
- 4.4 信頼区間
- 4.5 自由度
- 4.6 課題
- 第5章 データの分布と検定の概念
- 5.1 はじめに
- 5.2 ベルヌーイ試行と2項分布
- 5.3 2項分布のシミュレーション
- 5.4 2項分布の理論分布
- 5.5 正規分布
- 5.6 χ2分布
- 5.7 t分布
- 5.8 F分布
- 5.9 検定の考え方と第一種,第二種の過誤
- 5.10 両側検定と片側検定
- 5.11 分布の正規性の検定
- 5.11.1 Shapiro-Wilkの検定
- 5.11.2 Gearyの検定
- 5.12 課題
- 第6章 2群の平均値の差の検定
- 6.1 母平均値と標本平均の差の検定
- 6.2 独立2標本の平均値の差の検定
- 6.2.1 母分散が既知で等しい$V$である場合(稀)
- 6.2.2 母分散が未知の場合(通常はこちら)
- 6.2.3 分散に差がない場合
- 6.2.4 分散に差がある場合(Welchの方法)
- 6.3 対応のある2標本の平均値の差の検定
- 6.4 課題
- 第7章 一元配置分散分析と多重比較
- 7.1 多群の平均値を比較する2つの思想
- 7.2 一元配置分散分析
- 7.3 検定の多重性を調整する「多重比較」
- 7.3.1 ボンフェローニの方法
- 7.3.2 ホルムの方法
- 7.3.3 テューキーのHSD
- 7.4 課題
- 第8章 相関と回帰
- 8.1 相関と回帰の違い
- 8.2 相関
- 8.2.1 見かけの相関・擬似相関
- 8.2.2 直線的な相関・直線に乗らない相関
- 8.3 回帰
- 8.3.1 決定係数
- 8.3.2 回帰直線推定と検定のしくみ
- 8.3.3 独立変数・従属変数と因果の向き
- 8.3.4 回帰式を予測に用いる際の留意点
- 8.4 課題
- 第9章 計数データと比率の解析
- 9.1 母比率を推定する方法
- 9.2 推定値の確からしさ
- 9.3 母比率の信頼区間
- 9.3.1 正規近似
- 9.4 カテゴリ2つの場合の母比率の検定
- 9.5 カテゴリが3つ以上ある場合の母比率の検定
- 9.5.1 少し複雑な例
- 9.6 サイコロの正しさの検定
- 9.7 2群間の比率の差
- 9.8 3群以上の比率の差
- 9.9 課題
- 第10章 クロス集計
- 10.1 複数のカテゴリ変数を分析するために
- 10.2 2つのカテゴリ変数の独立性の検定
- 10.2.1 クロス集計とは?
- 10.2.2 独立性のカイ二乗検定の原理
- 10.2.3 フィッシャーの直接確率(正確な確率)
- 10.3 研究デザインと疫学指標
- 10.3.1 頻度の指標
- 10.3.2 効果の指標
- 10.3.3 リスク比とオッズ比の点推定量
- 10.3.4 リスク比とオッズ比の95%信頼区間
- 10.3.5 関連性の指標
- 10.3.6 一致度の指標~κ係数
- 10.4 スクリーニングにおけるROC分析
- 10.4.1 ROC分析とは
- 10.4.2 計算手順を考える
- 10.4.3 Epiライブラリを使う方法
- 10.5 交絡を考える
- 10.5.1 シンプソンのパラドックス
- 10.5.2 交絡を制御するには
- 10.6 課題
- 第11章 量的データのノンパラメトリックな分析
- 11.1 2群の分布の位置の差に関するノンパラメトリックな検定
- 11.1.1 ノンパラメトリックな検定とは?
- 11.1.2 Wilcoxonの順位和検定
- 11.1.3 メディアン検定
- 11.1.4 符号付き順位和検定
- 11.2 多群間の分布の位置の差の検定
- 11.2.1 クラスカル=ウォリス(Kruskal-Wallis)の検定
- 11.2.2 フリードマン(Friedman)の検定
- 11.2.3 多重比較
- 11.3 課題
- 第12章 一般化線型モデル
- 12.1 一般化線型モデルとは?
- 12.2 モデルの記述法
- 12.3 変数の種類と数の違いによる線型モデルの分類
- 12.4 重回帰分析についての留意点
- 12.5 多重共線性(multicolinearity)
- 12.6 モデルの評価
- 12.6.1 残差分析と信頼区間
- 12.6.2 尤度比検定
- 12.6.3 AIC: モデルの当てはまりの悪さの指標
- 12.7 変数選択
- 12.8 採択されたモデルを使った予測
- 12.9 共分散分析
- 12.10 ロジスティック回帰分析
- 12.11 課題
- 第13章 生存時間解析
- 13.1 生存時間解析概論
- 13.2 カプラン=マイヤ法:survfit()関数
- 13.3 ログランク検定:survdiff()関数
- 13.4 コックス回帰──比例ハザードモデル:coxph()関数
- 13.4.1 二重対数プロット
- 13.4.2 コックス回帰のパラメータ推定
- 13.4.3 コックス回帰における共変量の扱い
- 13.5 課題
- 第14章 文献
- 14.1 Rに関する日本語の文献
- 14.2 Rに関する英語の文献
- 14.3 疫学・統計学についての文献
- 14.4 Rに関するウェブサイト
- 第15章 【課題解答例】
- 2007年2月16日:初版公開
- 2007年2月20日:rev. 0.1公開(単純な変換ミスの訂正,索引を少し追加)
- 2007年2月20日:rev. 0.1.1公開(typo訂正,「はじめに」等にOpenOffice.orgとpLaTeX2e関連の記述を追加)
- 2007年2月26日:rev. 0.1.2公開(索引を少し追加,日本語を若干修正)
- 2007年2月26日:rev. 0.1.3公開(群馬県地図プロットに問題があったので修正。classmap.Rとデータも置き換え)
- 2007年3月1日:rev. 0.1.4公開(ShapeFileライブラリの情報を追加),このページに,文書内で取り上げている外部サイトへのリンクを追加し,順番を入れ替え
- 2007年3月12日:rev. 0.2公開(いただいたコメントに基づいて,内容を修正開始。事項索引に加え,コマンド索引も作成開始),このページからリンクしているプログラムとデータで本文と食い違っていたものをいくつか修正
- 2007年3月14日:rev. 0.2.1公開(内容修正継続,コマンド索引はコマンド初出時に短い説明をつけるなど工夫)。c02-2.Rとc02-4.Rを修正。
- 2007年5月21日:rev. 0.3.0公開(内容修正継続,コマンド索引はコマンド初出時に短い説明をつけるなど工夫中)。c03-1.Rとc07-1.Rを修正。
- 2007年5月24日:rev. 0.3.1公開(内容修正継続,コマンド索引はコマンド初出時に短い説明をつけるなど工夫中)。c09-5.R,c09-6.R,c11-1.R,c12-7.Rを修正。
- 2007年5月25日:rev. 0.3.2公開(内容修正継続,索引付け進行)。
- 2007年5月25日:rev. 0.4公開(内容修正継続,索引付けを第2章途中まで済み)。msb-funcs.RのROC関連の関数をAUCが計算できるよう改良。
- 2007年5月28日:rev. 0.4.1公開(内容修正継続,索引付けを第2章末まで済み)。c02-9.Rを修正。
- 2007年6月1日:rev. 0.5公開(内容修正継続,索引付けを第3章末まで済み)。
- 2007年6月4日:rev. 0.5.1公開(内容修正継続,windowsFonts関数の説明を追記。索引付けを第4章末まで済み)。
- 2007年6月5日:rev. 0.5.2公開(内容修正継続,とくにGearyの検定が片側になっていたので両側検定に修正し(msb-funcs.Rも修正),momentsライブラリのbonett.test()関数について付記。索引付けを第5章末まで済み)。
- 2007年6月6日:rev. 0.5.3公開(内容修正継続,索引付けを第6章末まで済み)
- 2007年6月7日:rev. 0.5.4公開(内容修正継続,索引付けを第7章末まで済み。bartlett.test()関数で有意だった場合にoneway.test()関数を使って,Welchの拡張による一元配置分散分析をすることを強く推奨。)
- 2007年6月11日:rev. 0.5.5公開(内容修正継続,索引付けを第8章末まで済み)
- 2007年6月14日:rev. 0.5.6公開(内容修正継続,索引付けを第9章末まで済み)
- 2007年8月3日:rev. 0.6.0公開(内容修正継続,索引付けを第10章末まで済み,索引を五十音順化)
- 2007年8月31日:rev. 0.7公開(内容修正継続,索引付けを第11章末まで済み),c02a.Rのメッセージ訂正(箱ひげ→箱ヒゲ)
- 2007年10月16日:rev. 0.9公開(内容修正継続,索引付けを第12章末まで済み),c12-4.R訂正
- 2007年10月29日:rev. 1.0公開(第13章末まで索引付け済み)
- 2007年11月7日:rev. 1.00公開(細かい修正完了。この形で編集の方に引渡し)
- 2007年12月17日:正誤表を追加(第11章)
- 2007年12月19日:更新履歴を最後に移動
- 2008年1月21日:正誤表に第13章の訂正を追記
- 2008年1月22日:正誤表に「はじめに」の訂正を追記
- 2008年1月23日:リンクを1つ追加
- 2008年8月27日:独立2標本の平均値の差の検定についての注記を追加
- 2008年10月17日:外部サイトへのリンク集の第2章で示した群馬県データのリンク先を変更
- 2009年4月17日:正誤表に第5章の訂正を追記
- 2010年3月30日:maptoolsのバージョンアップに伴ってread.shape()関数が消滅したことに遅ればせながら気付いたので,「本書出版後の追加情報」に注記
- 2010年5月13日:サポート関数群をfmsb_0.11(実は0.1.1の間違い)としてパッケージ化
- 2010年8月20日:このページに掲載されている*.Rファイルを,fmsbパッケージを使う形に書換え,fmsb_0.11(実は0.1.1の間違い)をCRANに投稿
- 2010年8月22日:fmsb_0.11(実は0.1.1の間違い)がCRANで公開された
- 2010年8月24日:日本の人口データもまとめたfmsb_0.2をCRANに投稿
- 2010年8月25日:fmsb_0.11(実は0.1.1の間違い)のバージョン番号が不適切だったことが判明し,Dr. Kurt Hornikがリパッケージしてくださるとの返事。これで0.2への更新もできるはず。
- 2010年8月26日:fmsbライブラリについて英文での簡単な説明と注記を追加。
- 2011年12月12日:fmsbライブラリを0.2.2にアップデートしたので説明もアップデート。
- 2011年12月28日:人口データのデータフレーム3つと,いくつかの人口学関連の関数を追加してfmsbライブラリをバージョン0.3.0としたので説明もアップデート。
- 2012年1月5日:Denny()関数のバグを直してfmsbライブラリを0.3.1としたので説明をアップデート。
- 2012年2月6日:radarchart()関数の欠損値が多い場合の例外処理を追加し,オプションを1つ追加してfmsbライブラリを0.3.2としたので説明をアップデート。
- 2012年3月15日:サイト移転したのでアップデート。
- 2012年4月27日:radarchart()関数の中心軸ラベルに%表示でなく小数表示をしたいらしい方からメールが来たので,axistypeオプションの引数として4と5を追加した(4は1の,5は3の,それぞれ小数表示版)。
- 2012年12月11日:Jlifeデータフレームに,2010年完全生命表のqxを"qx2010M"及び"qx2010F"として追加した。
- 2013年1月8日:radarchart()関数の多角形に斜線をつけたいという方からメールが来たので,pdensityとpfcolというオプションを追加し,fmsbを0.3.6にしたので説明もアップデート。
- 2013年2月7日:radarchart()関数で最小値が中心の1点に揃うようにしたいという要望メールが来たので,centerzeroというオプションを追加した(デフォルトはFALSEなので,オプションを付けなければ動作は不変)。また,Rothman KJ (2012) Epidemiology: An Introduction. 2nd Ed.を参照し,rateratio(),ratedifference(),riskdifference()という3つの関数を追加し,合わせてfmsbを0.3.7にしたので説明を更新した。
- 2013年2月28日:radarchart()関数で,ラベル指定をもっと自由にできるようにするため,vlabels,caxislabels,paxislabelsという3つのオプションを新設した。どれもデフォルトはNULLなので,指定しない限り,これまでと動作は変わらない。
- 2013年6月10日:Jvitalデータフレームに,人口動態統計の死亡表から妊産婦死亡率を"MMR"という変数名で追加した。
- 2013年6月26日:lifetable()関数でnsを追加し,modeオプションでいくつかのaxを指定できるようにした。nsを指定せず,modeが1ならば,動作は概ねこれまで通り。
- 2013年7月2日:lifetable()関数のmode=6とmode=7のときのバグを修正し,Coale and McNeil (1972)の初婚モデルCM()とその当てはめfitCM()を追加して0.4.1とした。
- 2014年1月6日:Jvitalデータフレームのうち,人口動態統計で発表済みの変数について,2011年と2012年のデータを追加して0.4.2とした。
- 2014年1月27日:pvalueplot()関数のバグを修正して0.4.3とした。
- 2014年5月3日:radarchart()関数のバグを修正し,pangleオプションを追加して0.4.4とした。
- 2014年6月14日:lifetable2()関数を追加し,mxtoqx()とqxtomx()でaxとnを扱えるようにオプション追加して0.4.5とした。
- 2014年8月4日:lifetable3()関数を追加し,fitGM()とfitSiler()でデータに欠損がある場合の処理を改良し,Jvitalデータの2011年と2012年の年齢調整死亡率と周産期死亡率と妊産婦死亡率がNAだったのを発表された数値に更新し,radarchart()関数にラベルサイズ指定オプションを追加して0.5.0とした。
- 2014年9月15日:Jvitalに2013年データを追加し,都道府県別データをJvital2013byPrefとして追加し,0.5.1とした。
- 2017年3月20日:日本の人口統計データに2015年確定値を追加し,oddsratio(),riskratio()にオプションを追加し,hlifetable()関数とspearman.ci.sas()関数を追加し,0.6.0とした。
- 2017年5月16日:JfertのASMFR2015がASFR2015.1となっていたのをfix。WhipplesIndex(),CaretakerRatio(),IndexOfDissimilarity()を追加し,0.6.1とした。
- 2018年4月3日:Jvitalに2016年確定値を追加。都道府県別損失余命をPrefYLL2015として追加。oddsratio()の最初の引数が2×2の行列(matrixクラスかtableクラスのオブジェクト)でも良いように仕様変更。
- 2018年12月10日:レーダーチャートの実行サンプルを追記し,フォーマットが崩れていたところを何カ所か修正。
- 2019年12月14日:Jvitalに2017年と2018年確定値を追加。PEI(), ORMH(), pvpORMH(), RCI(), IRCI(), IRCIPois()を追加。pvalueplot()にadd=というオプションを追加。riskdifference()の出力のカラムタイトルでriskであるべきところがincidence rateとなっていたので修正。
- 2021年5月9日:Jvitalに2019年人口動態統計確定値を追加。近々導入される予定の,新しい日本の基準人口をH27MPJとして追加。
- 2021年12月11日:JpopとJpoplに2020年国勢調査データを追加。
- 2022年3月1日:Jvitalに2020年人口動態統計確定値を追加。spearman.ci.sas(),truemedian(),geary.test()を欠損値を含むデータに対応。
- 2022年11月25日:Jlifeに第23回完全生命表を追加。Jfertに2020年の年齢別出生率(ASFR2020)と年齢別有配偶出生率(ASMFR2020)を追加。
- 2022年12月25日:令和2(2020)年都道府県別生命表が発表されたので、新しいデータフレームとして、都道府県別男女別平均寿命の推移(Prefe0)、2010年の都道府県別主要死因別損失余命(PrefYLL2010)、2020年の都道府県別主要死因別損失余命(PrefYLL2020)を追加。
- 2024年1月16日:Jvitalに2021年と2022年の人口動態統計確定値を追加。radarchart()の補助線を円にしたradarchartcirc()を追加。RothmanのEpidemiology: An IntroductionのChapter 10で作成したプーリングの関数であるRDMH()、RRMH()、IRDMH()、IRRMH()を追加。
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