個別鵯記

【第530回】 講義をしてから立川へ（2013年11月29日）

• 5:55に「Good Morning」が流れて目が覚めたので，アイソン彗星の尾が見えないか海の方をずっと見ていたが，残念ながら見えなかった。サンライズ瀬戸は定刻運行中というアナウンスが6:20頃流れたので，土曜の発表準備の続きをしようと思ったが，まだ眠いなあ。
• 東京駅着も定刻であった。丸ノ内線で本郷三丁目に行き，なか卯で朝食後，Café de Criéでカフェオレを飲みながら明日の発表準備を継続。しかし今日の講義は8:40からだから，あまり時間はない。
• 講義（今年は受講者9名，CVMで風疹ワクチン接種について厚労省が現状のまま放置するWTAを聞いたら，いくら貰っても受け入れ不能と答えた学生がいた。WTPの方は学生なので制限があるけれどもできる限り払いたいとか，）が終わって，森川町食堂で昼食をご馳走になってから立川へ。Dr. Duncan Murdockの講義は最後のセッションが始まる直前についた。以下メモ。
• ワークスペースを保存するのは良くない。保存したのがどういう状態かわからなくなる。スクリプトを保存すべき。しかしスクリプトの一部を再利用しにくい。カットペーストによってエラーが起こることが多い。それならパッケージを作ってしまえばいい（パッケージはlibrary()で読み込むが，パッケージとライブラリは別。ライブラリはパッケージの集合体で，あまりしないけれどもlib.loc=オプションとか.libPaths()で用途別に構成して切り替えることができる）。イメージとスクリプトを両方保存できる。公開して他の人に配れる。品質管理にRtoolsが使える。利点が多い。今日の話はパッケージ全般では無くvignette。3.0.0以前はSweaveが必要だった。3.0.0以降は不要。vignettesはRのヘルプシステムの一部と考えられる。ソースに含まれるメタデータによりpdfへのリンクも示せる。.Rnwファイルをパッケージのvignettesディレクトリにおけば，Rはそれをvignetteとして扱う。パッケージビルドのときにpdf変換される。vignetteはビルドのときではなく，インストール時に生成する。vignetteのメタデータはコメント中のLaTeXマクロのようになる（%で始まるので）。Rは処理するがLaTeXは無視する。どうやって良いvignetteを作るか？　Vignettesを使ってパッケージ内容を記述するのは，内容紹介としてベストの方法。どのようにパッケージに機能が実装されたか技術的詳細を記述することができる。パッケージの特定の側面を強調して示すことができる。リファレンスドキュメントをvignetteに含むのはあまりいいアイディアではない。リファレンスマニュアルとしてはヘルプから呼べるようにした方が一貫性が保障される。gridがやっているようにたくさんのドキュメントに分けるのもあまりいいアイディアではない。多くのファイル間で切り替えるのは不便。HTMLはpdfとは思想が異なるので，小さなHTMLファイルたくさんに分けるのはいいかもしれない。実際に作るには，RStudioを使ってknitrと連携し，*.Rndを作ると空行で分けた構造化テキストを書くだけでOK。RStudioは素晴らしい環境。ボタンクリック一発でpdfができるし，エラーがあればメッセージがでる。pdfからソースへのリンクを作ることもできる（コンピュータの環境設定がうまくできていないということで，デモは失敗したが）。デモされるソースを見ると，ほとんどLaTeXソースそのままで，vignettes関係のマクロでRコードを書くという形での実装。
• うーん，これまでvignetteには手を出さずに来たのだが，pyramidパッケージとfmsbパッケージに簡単なvignetteをつけてみようか？　という気になった。
• 16:00過ぎに終わったが，懇親会は18:30からなので，17:00に部屋が閉まるまで，そこで仕事をさせてもらった。立川駅に移動し，ルミネの８階の本屋で週刊アスキーと月刊ドラゴンズを買ってから，まだ時間が余ったので伊勢丹のそばの喫茶店に入ってエスプレッソを飲みながらvaio-saを開いてWiMAX接続でメール送受信。
• Duncan Murdockさんを囲む懇親会は楽しかった。今夜は弟と両親が住む家に泊めて貰うことになっていて，新宿と神保町を経由して板橋区に辿り着いたら23:00頃だった。2時近くまで発表準備をしてから就寝。
• アイソン彗星は空中分解してしまったらしい。見えなかったのも道理か。

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