個別鵯記

【第764回】 今日も成績処理など（2014年8月20日）

• 6:00起床。Goosehouseの「Good Morning」とパスピエ「最終電車」のコンビネーションは強力。若干二日酔いか？
• 冷凍ライスバーガーを電子レンジで2分温めただけの朝食。
• 2番のバスで出勤予定だったが，結局3番のバスになった。今日も成績処理がメインタスク。
• 大学院生からの相談に応じて，Rでマルチレベル分析を実行する方法を確認しておく必要に迫られたので，藤野善久・近藤尚己・竹内文乃『保健医療従事者のためのマルチレベル分析』診断と治療社，ISBN 978-4-7878-2053-2（Amazon | honto | e-hon）を再読。本書で使われているデータは出版社のサポートページからダウンロードできるのが便利だ。pp.69-70の多施設介入試験の分析をRとlmer()関数で実行するには，予めlme4パッケージをinstall.packages("lme4", dep=TRUE)でインストールしておき，library(lme4)でロードしてから，

  x <- read.csv("http://www.shindan.co.jp/download/205300/cholesterol.csv")
  res <- lmer(cholesterol ~ cholesterol_base + intervention + (1|clinic), data=x, REML=FALSE)
  summary(res)
  confint(res)

  とする。Stataの出力である図9-5の数値と比べると，Wald検定とのそのp値，固定効果（介入とベースラインのコレステロール値と切片）の係数のzとp値を除けば求めることができている。固定効果の係数については，zの代わりにt valueが提示されているけれども，本書にも書かれている通り，p値は敢えて表示していないのだそうだ。自由度が簡単には求められないからというのが大きな理由だが，それでもp値が欲しい場合は，このページに書かれているように，自由度が十分に大きいt分布は正規分布とほぼ同じだからと考えてpnorm()でp値を計算してしまうか，lmerTestパッケージをインストールしてlmer()関数を上書きしてsummary(lmer())だけでp値が得られるようにするか（SASのPROC MIXED同様，Satterthwaiteの近似で自由度とp値を計算してくれるらしい），pbkrtestパッケージを使ってKenward-Rogerの近似で自由度を出すかすると良いらしい（たぶん，この中ではlmerTestパッケージを使うのが楽そう）。この他にRでマルチレベル分析をする方法としては，multilevelパッケージとnlmeパッケージを使う手もあるようだ。
• TZ35が届いたが，いくつかの点でTZ30より劣化しているので，妻が帰ってきたらTZ30と交換して貰おう。あまり変更点として強調されていないが，マイクがステレオからモノラルになったのは残念。液晶モニタもタッチパネルでなくなり，GPS機能もなくなり，スイッチがスライド式からプッシュ式になってしまったので，仕舞っておいたときに誤動作しそうなのも残念。しかしステレオマイクとGPSが維持されているTZ40はTZ30とバッテリーが異なるので選ぶわけにはいかなかった。
• 今日はWorld Mosquito Dayであった。由来は，ハマダラカがマラリアを媒介することをRonald Rossが明らかにした日ということ。Oxford Univ. Pressから出ているKnellのMalariaという本には，この発見物語が詳しく書かれていて，大変面白い（かつて私訳したものをこのpdfファイルの13ページに載せてあるので関心のある方は参照されたい。たぶん今ならHussein Khanはフセイン・カーンというカタカナ書きにすると思うし，訳自体も生硬だが）。
• 歯科受診の日なので，成績処理が終わらなかったが19:20に研究室を出た。歯科受診後に業務スーパーでいくつか食材を買って帰り，素麺を茹でて晩飯にした。
• 今夜のドラゴンズは痛い負け。2年目の濱田投手が頑張っていたので勝たせてやりたかった。あまりに攻撃力がなさすぎるので，高橋周平選手をスタメンからショートストップで使った方がいいと思ってしまうのは，素人考えなのだろうか？
• 洗濯して部屋干ししてから眠った。

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